เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ หญิงสาวปริศนา พร้อมเด็กชายชื่อ ชินโซ ปรากฏตัวที่บ้านของครอบครัวโนฮาระ และเผยว่าเธอคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง การมาถึงของเธอนำความสงสัยและความวุ่นวายมาสู่ครอบครัวโนฮาระ แต่สิ่งที่ทำให้สถานการณ์ซับซ้อนยิ่งขึ้นคือการบุกจู่โจมของกองทัพนินจาลึกลับในคืนนั้น

ชินจังและจิโยเมะถูกลักพาตัวไปยังหมู่บ้านนินจาตระกูลเฮโซกะคูเระ ซึ่งมีหน้าที่ปกป้อง “สะดือโลก” สิ่งสำคัญที่เชื่อมโยงกับอนาคตของโลก การปกป้องสะดือโลกนี้ต้องอาศัยทองคำบริสุทธิ์และวิชานินจาโบราณที่ส่งต่อจากรุ่นสู่รุ่น ชินจังต้องเผชิญหน้ากับความจริงเกี่ยวกับชาติกำเนิดของตนเอง และเข้าร่วมการต่อสู้ครั้งสำคัญเพื่อปกป้องวันพรุ่งนี้ของโลกและครอบครัวโนฮาระ

การผจญภัยครั้งนี้เต็มไปด้วยความสนุกสนานแบบฉบับชินจัง พร้อมด้วยฉากแอ็กชันสไตล์นินจาที่สร้างความตื่นเต้นให้ผู้ชม